Cinquante ans plus tard, Kagome, jeune japonaise de l'époque contemporaine, tombe dans le puits du temple où elle habite et peut ainsi traverser les époques. Elle arrive dans le village même où la tentative de vol de la perle a eu lieu cinquante ans plus tôt et sa ressemblance avec Kikyo n'échappe pas à la nouvelle prêtresse, Kaede, qui n'est autre que la s½ur de Kikyo. Attaquée par un mononoké (esprit vengeur), Kagome libère Inu-Yasha de son sort en faisant disparaître la flèche ensorcelée qui le maintenait dans un état léthargique. Il s'avère que Kagome porte en elle la perle de Shikon. Mais elle détruit la perle malencontreusement, et les fragments s'éparpillent dans le monde. Inu-Yasha et Kagome unissent alors leurs efforts pour les retrouver.
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